从目前国内外实际运作情况看，大部分节能服务合同是以下三种方式之一或某几种方式的结合，对每一种付款方式都可以作适当变通，以适应不同耗能企业的具体情况和节能项目的特殊要求。
据调查，节能效益分享型商业模式为客户的首选，其在调查企业中占比为65.3%;其次为节能量保证型，18.9%的客户选择了此种商业模式;此外，15.8%的客户企业倾向于能源费用托管型。
虽然近年来我国节能服务业和合同能源管理市场取得了令人瞩目的成就，但产业本身仍然存在一些有待解决的深层次问题。
首先，产业协同效应差。当前我国节能服务业集聚区域内相关产业规划普遍滞后，产业聚而不合，影响了节能服务要素资源的科学配置，使产业聚集效应难以显现，客观上制约了合同能源管理的业务发展和公司壮大。
其次，优惠政策执行力度不够。造成优惠政策落实不到位的主要原因主要有三：一是现有的财政、税收政策宣传不够，很多公司并不清楚优惠政策的存在和具体内容;二是申报涉及知识面广、程序复杂，专业申报人才匮乏;三是项目节能效果可测性差，难以达到补贴标准。
第三，用能单位节能意愿不强。长期以来我国对工业用能实施价格倾斜，加上主要用能行业多属于周期性行业，企业效益受行业周期的影响远大于能源成本影响，另外环保政策的执行力度实际上也大打折扣，用能企业节能意识普遍不强，市场需求并未彻底释放。
第四，节能效益难以科学评估。合同能源管理产业涉及到的节能技术种类多、范围广，很难形成单独标准，节能公司和用能单位容易产生纠纷，导致拖延、克扣甚至拒绝回款等现象时有发生。
最后，节能服务公司多属于中小企业，融资难。我国节能服务业发展时间短，大多数公司尚处于发展初期，存在注册资本较小、财务制度不规范等问题，在银行贷款审核过程中信用评级较低。另外，节能服务公司虽拥有技术，但普遍缺少土地、厂房等接受程度高的抵押品，难以获得商业银行的信贷资金支持。
